Neben dem Vermögen der Diözese Eichstätt wird im Rahmen der Transparenzoffensive auch ihre Organisationsstruktur in den Blick genommen, da sich damit die Chance bietet, diese zu verbessern. Dabei wurde bereits deutlich, dass die Aufgaben, die in der Diözese Eichstätt anfallen, aufgrund ihrer Größe sehr komplex sind. Neue Strukturen und Regelwerke können dabei helfen, diese effizienter und transparenter zu organisieren.
Dazu wurde z.B. eine Revision für das Ordinariat geschaffen – eine Abteilung, die die dortigen Finanzflüsse und Verwaltungsabläufe objektiv bewerten soll. Ihre Aufgaben wurden bereits in einer neuen Revisionsordnung präzisiert und festgehalten. Angestrebt wird auch, dass Aufsichtsgremien der Diözese Eichstätt, soweit möglich, in größerem Umfang als bisher mit externen Fachleuten besetzt werden. Diese können die Diözese aber nur dann bestmöglich beraten, wenn ihr Vermögen nach HGB bilanziert vorliegt, damit die Experten sich ein Bild davon machen können.
Als weiteres neues Regelwerk sind zudem auch schon die Bauregeln der Diözese Eichstätt entstanden. Sie machen die Entscheidungen transparenter, welche für kirchliche Aufgaben notwendigen Bauvorhaben in welcher Form in Angriff genommen werden können.
In einem weiteren Schritt wurden die Aufgaben des Diözesansteuerausschusses, des Diözesanvermögensverwaltungrates und des Kosultorenkollegiums in weiteren Regelwerken konkretisiert. Das im Zuge der Transparenzoffensive geschaffene Statut der Beispruchsgremien in der Diözese Eichstätt regelt die Zusammensetzung und Aufgaben dieser Gremien. Bei der Besetzung der Gremien wurde darauf geachtet, dass ihre Mitglieder nicht mit dem Bischof oder der Diözese in einem Dienstverhältnis stehen, sofern sie eine gewisse Kontrollfunktion gegenüber der Diözese wahrnehmen. Der Diözesanvermögensverwaltungsrat und der Diözesansteuerausschuss wirken gemäß eines neu geschaffenen Diözesangesetzes an der Erstellung und Genehmigung des Finanzplans und des Jahresabschlusses der Diözese mit.
Auch die Ordinariatskonferenz wurde im Zuge der Transparenzoffensive neu aufgestellt. Das neu geschaffene Diözesangesetz zur Neustrukturierung der Ordinariatskonferenz der Diözese Eichstätt hält fest, dass das Gremium den Bischof mit Konsultations- und Informationsaufgaben und Entscheidungskompetenzen unterstützt. So kann die Ordinariatskonferenz z.B. bei Entscheidungen, die das mittel- oder langfristige Handeln der Diözese betreffen, mitwirken und den Bischof dabei beraten. Mitglieder der Ordinariatskonferenz sind laut Gesetz der Generalvikar, Bischofsvikare, der/die Ordinariatsdirektor/in sowie die Hauptabteilungsleiter/innen des Bischöflichen Ordinariates.
