Unterstützung beim künftigen Ausbau der Diözese erhielt Willibald vor allem von seinem Bruder Wunibald, der 752 im zirka 35 km Luftlinie nordwestlich von Eichstätt gelegenen Heidenheim am Hahnenkamm ein weiteres Kloster errichtete, und von seiner Schwester Walburga, die nach Wunibalds Tod die Leitung des familieneigenen Klosters Heidenheim übernahm. Auch in Herrieden und Monheim entstanden schon früh Klöster von größerer Bedeutung. An späteren mittelalterlichen Klostergründungen wären etwa zu nennen Auhausen, Heilsbronn, Kastl, Plankstetten, Rebdorf und Wülzburg sowie Bergen, Gnadenberg, Seligenporten und St. Walburg in Eichstätt.
Die Grenzlage der Diözese im Schnittfeld der alemannisch-fränkisch-bayerischen Berührungszonen brachte es mit sich, dass der Kirche von Eichstätt im Mittelalter keine geringe reichsgeschichtliche Bedeutung zukam. Ihren Höhepunkt erreichte diese Entwicklung unter Bischof Gebhard I. (1042-1057), der als Viktor II. von 1055 bis 1057 auch Papst war. Gebhards Nachfolger auf dem Eichstätter Bischofsstuhl, Bischof Gundekar II. (1057-1075), brach mit den bisherigen Gepflogenheiten und wandte sich vor allem einem inneren Auf- und Ausbau des Bistums zu, was nach außen hin in den zahlreichen von ihm vorgenommenen Kirchenweihen zum Ausdruck kam.